สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ สิ้นพระชนม์เมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน พ.ศ. 2501 เวลา 01:08 น. พระศพตั้งบำเพ็ญพระกุศล ณ ตำหนักเพ็ชร วัดบวรนิเวศวิหาร คณะปฏิวัติให้สถานที่ราชการทุกแห่งลดธงลงครึ่งเสา 3 วัน และให้ข้าราชการไว้ทุกข์ 15 วันเพื่อถวายความอาลัย[18] และได้รับพระราชทานเพลิงพระศพ ณ เมรุหลวงหน้าพลับพลาอิศริยาภรณ์ วัดเทพศิรินทราวาสเมื่อวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2503[19] เป็นพระองค์แรกที่ใช้พระเมรุถาวร และใช้เป็นพระเมรุและเมรุ ในงานพระราชทานเพลิงพระศพและงานพระราชทานเพลิงศพ พระบรมวงศานุวงศ์ตลอดจนบุคคลสำคัญจนถึงปัจจุบัน